深高设立“学生科学研究院”，筑成孵化创新拔尖人才的“蜂巢”。学生科学研究院与南方科技大学、北京航空航天大学、深圳大学、哈尔滨工业大学、深圳腾讯、华为、大疆、华大基因、优必选科技等高校和科研院所、高新企业合作，开设了元宇宙创新实验室、AI创新实验室、未来城市实验室、智能智造实验室、机器人实验室、分子生物学实验室、微生物实验室、影视传媒实验室、环境工程实验室等22个高新科技实验室，共开发了90门科技校本课程，形成31门精品校本课程。学校注重强化课程与科技竞赛的衔接，在各校区学生科学研究院内组建“学生创新学院”，建立科学的学生遴选机制，实行目标考核、动态进出机制，将最具有科创潜质的优秀的学生选入创新学院进行重点培养。

       学校在依托创新课程开发、科技社团建设、整体合校内外教育资源和优化创新拔尖人才合作培养机制的同时，也在不断探索搭建完备科技教育平台革新创新教育的新模式。目前，学校共成立21个科技社团或创客工作室。从科技社团中走出的小创客们，在全国青少年科技创新大赛、全国青少年人工智能创新挑战赛、FRC国际中学生机器人对战赛、WRC世界机器人大赛、广东省创客大赛等科技竞赛中屡获佳绩；在国际国内各类科技创新大赛中，深高学子至今已获得国家级和国际级奖项共121项。

       2016年，时任教育部部长陈宝生视察深高，充分肯定学校在科技教育上的探索和创新实践；2018年，时任深圳市委书记王伟中视察学生科学研究院，对深高在培养创新人才方面的探索和实践给予高度赞扬。2021年11月，学校获评“广东省青少年科学教育特色学校”。12月，学校荣获“2021年度深圳教育改革创新卓越奖”和“十大深圳科技创新教育领军学校”称号。2022年4月，广东教育研究院授予我校“广东省人工智能教育实验学校”称号。